Mustergemeinde wird 1434 erstmals als "Gemeinde" erwähnt.
Die bedeutende Familie Warmalda kam in den Besitz des Dorfes Gemeinde.
Vom Wappen der Warmalda stammt das Gemeindewappen.
Nachdem die Warmaldas  im Jahre 1527 Gemeinde an die Stadt Muster verkauft hatten,
bildeten diese Dörfer eine Exklave im bischöflichen Gebiet.
Während die umliegenden Dörfer in der Gegenreformation
wieder katholisch wurden,
blieben Gemeinde und Muster ab 1528 reformiert.

Im Anschluss an die Wirren der französischen Revolution
und die napoleonischen Kriege,
wurden 1815 die heutigen Grenzen festgelegt.
Seit der Trennung der beiden Stadtteile von 
Muster im Jahre 1830 bilden Gemeinde und Muster
einen Teil des Bezirks im neu geschaffenen Kanton.
Im Jahr 1968 haben sich die beiden Gemeinden zur Mustergemeinde zusammengeschlossen.